Além de atuar na área criminal e na defesa de direitos coletivos, o Ministério Público Federal também exerce a função de fiscal da lei, expressão que traduz a missão de zelar para que a legislação seja corretamente aplicada em processos judiciais em que a instituição não é parte interessada. Essa atribuição, prevista na Constituição, garante que os processos não se restrinjam ao interesse das partes, mas observem o interesse público e o respeito às garantias fundamentais.
O fiscal da lei, em muitas situações, é chamado a intervir em processos civis, criminais, eleitorais e até administrativos, emitindo manifestações para assegurar que o devido processo legal seja cumprido. É uma forma de proteger tanto o indivíduo quanto a sociedade, funcionando como uma instância de equilíbrio e correção.
Essa função é conhecida como custos legis. Nela o Ministério Público atua como uma espécie de guardião dos interesses de incapazes ou do interesse público, fiscalizando o processo e garantindo que a vulnerabilidade de uma das partes, ou eventual renúncia indevida ao interesse público, não prejudiquem a concretização da justiça em processos judiciais.